西班牙人占據雞籠、淡水後，1629 年，荷蘭臺灣長官Pieter Nuyts 認為西班牙人占據該地將阻礙荷蘭與中國之貿易，以及在臺之利益，於是建議巴達維亞當局以武力加以驅逐，但未獲重視。1642年8月17日，荷蘭以Hendrick Harouse為指揮官，率戰船5艘、戎克船5艘、領水艇6艘、兵員水手690人出發來攻，西班牙軍在眾寡懸殊下，雖力圖抵抗，最後於8月26日投降。荷蘭人取代西班牙人統治北臺灣後，甚為重視淡水的防務，不僅加強淡水城寨的工事並派兵80人駐守淡水，用以統治淡水地區原住民。

1662年2月1日，荷蘭大員長官揆一在條約上簽字，向鄭成功軍隊投降。但是，部分荷軍仍持續駐守北臺灣的淡水與雞籠等地。到了1668年，荷軍方自臺灣全數撤退，並在撤軍同時破壞自行破壞城寨，並燒毀一些無法帶走的物品，但鄭氏並未對淡水有太多的重視，基本上只作為流放犯人的場所。1683年，由於與清廷軍事情勢惡化，鄭氏才命北路總督何祐修淡水舊城，藉以防備清軍的入侵。同年7月，鄭軍於澎湖海戰失利，何祐遂私下向清廷表示願獻出雞籠與淡水二地，而鄭氏則在9月5日向清朝正式投降。

1883 年(光緒 9)，清、法因越南問題發生戰爭，清廷已知道臺灣地位之重要，兵備道劉璈積極整備防務。翌年 7 月，清廷派劉銘傳到臺灣籌備防務。1884年8月5日，法軍提督孤拔(Anatole Courbet)委派海軍少將李士卑斯(Lespès)率艦砲擊基隆，登陸三沙島，被擊退。10 月 1 日，再攻基隆，進占基隆市街區及獅球嶺各堡壘。另派Lespes率艦攻淡水，劉氏命孫開華在河口以載石船沈船封，港且在英方的協助下於淡水河口布防水雷。10 月 8 日，法軍於今日沙崙海水域場附近登陸作戰，但因不熟悉地形被清軍及台灣鄉勇伏擊，不支撤退，但自10月23日起至翌年4月15日止，法軍封鎖臺海5個月，造成淡水及北臺漁民重大損失，淡水人將此次戰役稱之為「西仔反」。

西元1884年8月中法戰役於基隆展開，時任福建巡撫劉銘傳注意到法軍可能利用淡水河直接進入台北府城，因此決定棄守基隆把兵力改移至淡水。而當時清朝就曾在淡水沙崙、中崙、油車口先後修築砲臺，然清法戰爭時，此三座砲臺幾乎全被法軍摧毀。

清法戰爭後，劉銘傳為提升台灣海防建設，因此在各海口增建砲臺以利防禦。故聘請德國籍技師巴恩士(Lieut Max E Hecht)負責督造，以西洋砲臺為建築範本在澎湖、基隆、滬尾、安平、旗後等五處海口趕造十座新式砲臺。其中，滬尾有兩座砲臺，一為「北門鎖鑰」即是今日的滬尾砲台，另一為「保固東瀛」今已不見其遺跡。並透過英商怡和洋行向美國購買阿姆斯特朗大砲31尊全數安裝於10座新砲臺上。光緒15年(1889)大砲安裝完竣後，滬尾砲台便未曾實際參與戰事，所以建築部分至今保存完整，而滬尾砲台亦是劉銘傳在台灣本島所建礮台中碩果僅存的一座。

日治時期日軍撤走滬尾砲台內四門大砲，改將此地做為砲兵射擊練習場。台灣光復後，滬尾砲台改由國軍駐防，民國七十四年經中華民國內政部核定，將滬尾砲台定為二級古蹟，整修後開放民眾遊旅。